有明海は、わが国のみならず世界において比類のない美しさを持つ干潟の景観と特有な生態系を有し、また貴重な漁業資源の宝庫として、古来、人びとの生活を支え、人びとの心に安らぎを与えるなど、人間と良好な関係を維持してきました。
　その後、めざましい経済発展と住民生活の多様化や高度化の過程で、有明海沿岸及び流入河川流域の全域における産業活動や日常活動が有明海に過大な負荷をかけてきた結果、有明海の環境悪化や漁業資源の減少が顕著に見られるようになりました。そこで、有明海を豊かで人の心に安らぎを与える海に戻すことが、有明海沿岸や流域全域における共通の緊急課題となりました。
　有明海を豊かな海に戻すためには、山、川、平野、都市、海の全域にわたる産業活動や日常生活を適切に管理し、水や物質の循環を健全なものとしていくことが必要です。そのためには、有明海の環境悪化等に関する調査研究を徹底して行い、科学的な知見に基づく環境改善方策を明示し、山、川、平野、都市、海の全域における産業活動や日常生活において、全ての住民が協働で有明海の再生に取り組むことが重要です。
　そこで、有明海の環境悪化やその改善に関する調査研究の推進が、有明海の再生を進める上で極めて重要であるとの共通の認識に立ち、大学、国・県の研究機関や企業、ＮＰＯなどをネットワーク化し、有明海再生に向けた調査研究等を戦略的にコーディネートしていく機関として「有明海再生機構（仮称）」を設立することといたしました。